Le Musée d'Archéologie Méditerranéenne invite à un voyage au coeur des civilisations anciennes de la Méditerranée et du Proche-Orient. Formant l'ensemble le plus important en France après le Louvre, les collections égyptiennes offrent une présentation thématique de la vie quotidienne, des cultes et rites funéraires depuis la préhistoire jusqu'au IIe siècle après J.-C. Le département égyptien possède une des plus importantes collections de France et présente des pièces uniques telles les 4 stèles orientées du général KASA.
La muséographie reproduit le cheminement dans un mastaba et invite à la découverte.

Les collections dite classiques propose une découverte géographique et chronologique du Proche-Orient, avec des pièces assyriennes et de Ninive, de Grèce, Rome, Chypre, Etrurie et de la Gaule, depuis le IVe millénaire jusqu'au IIIe siècle ap. J.-C.
Grèce et Grande-Grèce : vases cycladiques, la très remarquable œnochoé minoenne (XVe s. av J.-C.), vases à parfums corinthiens décorés de motifs animaliers ou floraux, céramiques à figure noire et à figure rouge, kouros (sculpture de jeune homme nu).
Étrurie et Rome : céramique en bucchero-nero (pâte noire soigneusement lissée), objets en bronze, Vénus en marbre . Belle collection de verreries.

Les collections celto-ligures, présentées jusqu'en 2012, ont été déménagées et sont présentées dans le parcours du Musée d'histoire de Marseille depuis septembre 2013.