Les premières collections du Muséum d'Histoire naturelle de Perpignan sont issues du cabinet de curiosités créé dès 1770 à la faculté de médecine de l'Université de Perpignan.
Fondée en 1833, la Société Philomathique de Perpignan récupère au cours du XIXème siècle les anciennes collections de l'Université de la ville et les intègre aux dons qu'elle reçoit, dans le but de constituer un cabinet d'Histoire naturelle destiné aux amateurs de science et de savoir. Ce cabinet verra officiellement le jour en 1835. Enrichi de nombreuses collections, comme la Collection Boluix ou la collection Companyo, ce cabinet est acquis en 1840 par la Ville de Perpignan et devient un véritable Muséum d'Histoire naturelle.
Il fut transféré en 1900 dans le bâtiment où il se trouve aujourd'hui, l'Hôtel ?agarriga.
Le Muséum d'Histoire naturelle de Perpignan présente des collections de référence sur la faune et la flore des Pyrénées-Orientales mais également plusieurs spécimens exotiques et une très belle collection d'ethnologie provenant en majorité d'Afrique et d'Océanie. Le Muséum a reçu l'appellation Musée de France le 1er Février 2003.