Conçu comme un centre de documentation archéologique sur le commerce antique, le Musée des Docks romains évoque l'activité portuaire de Marseille entre le VIe siècle av. J.-C. et le IVe ap. J.-C. La vocation même de la ville comme port de transit s'y révèle grâce aux grands vases de stockage ou “dolia” conservés in situ qui témoignent d'un important commerce vinaire dans la cité.
Le musée abrite également le fruit des recherches archéologiques sous-marines et présente plusieurs objets issus d'épaves de navires ayant sombré au large des côtes marseillaises. Amphores, éléments d'accastillage, objets de la vie quotidienne sont autant de témoignages qui nous sont nécessaires pour mieux comprendre la vie à bord des bateaux et ses contraintes.
Grâce aux récentes découvertes archéologiques toutes proches du musée, la topographie du site se dévoile encore un peu plus aujourd'hui. La vocation portuaire de la ville est omniprésente dans les fouilles. Ainsi, sous les places Jules-Verne et Bargemon, ont été découverts d'autres entrepôts, des quais, des appontements, des bateaux, des thermes, contemporains des docks encore en place.